Au XIXe siècle, la ville lituanienne de Mažeikiai était un petit village rural, où beaucoup de gens pratiquaient d'anciens rituels païens. Tout a changé avec la construction du chemin de fer et déjà au début du XXe siècle, Mažeikiai est devenue une ville prospère, qui a été ornée du premier sanctuaire catholique - la chapelle de François d'Assise. En 1905, le premier acte de baptême est apparu dans le livre paroissial de la chapelle, et tous les paroissiens décédés ont été inhumés dans le nouveau cimetière.

Chaque année, la population de Mažeikiai augmentait rapidement, parallèlement à cela, le nombre de paroissiens fidèles augmentait également. L'ancienne chapelle de François d'Assise ne pouvait plus accueillir tous ceux qui voulaient se joindre à la messe, le problème était évident - la ville avait besoin d'un nouveau sanctuaire. Et s'il n'y avait pas eu de longs débats houleux des citadins sur le lieu de construction du nouveau sanctuaire, une magnifique église catholique aurait décoré Mažeikiai il y a longtemps.

Cependant, en réalité, tout était différent. Les années passaient, les disputes ne se calmaient pas, la construction a été retardée, jusqu'à ce qu'en 1929 la première pierre posée dans la fondation de l'église soit consacrée. Tous les habitants des villages environnants ont participé à la construction, en même temps, il a été décidé de consacrer un nouveau sanctuaire non pas en l'honneur de Saint François d'Assise, mais en l'honneur du Sacré-Cœur du Christ.

Les autorités soviétiques au pouvoir à l'époque n'approuvaient pas le travail de deux églises dans la ville à la fois, et donc l'ancienne chapelle a été fermée et transformée à un entrepôt. Plus tard, un magasin de meubles fonctionnait dans ses murs, puis tout a été complètement démoli. Quelques années plus tard seulement, les citadins sont revenus à l'idée de construire une deuxième église catholique en l'honneur de saint François sur le même site.

Le magnifique monument de l'architecture sacrée moderne a été érigé par l'architecte local Henrikas Staude. Le nouveau sanctuaire était une structure triangulaire originale avec un clocher de 25 mètres de haut. Quatre cloches en fonte, dont la plus grosse pèse près de 3 tonnes, ont été spécialement amenées d'Allemagne et installées en 2005. La même année, toute la ville a entendu pour la première fois sonner la cloche de la nouvelle église Saint-François le jour de sa consécration.