L’histoire tragique de la plus grande cathédrale navale de l’Empire russe remonte au début du XIXe siècle, lorsque les tentatives répétées de soulever la question de sa construction à Kronstadt ont été infructueuses. Ce n’est qu’en 1897, que l’amiral Nikolaï Ivanovitch Kaznakov a réussi à obtenir la permission de collecter des fonds pour la construction tant attendue d’un sanctuaire orthodoxe. Il a été décidé d'ériger la cathédrale grandiose, le projet de l’architecte russe Vassili Kossiakov, sur la place spacieuse de Yakarnaya (place d’ancre), où se trouvaient les vieilles ancres. En outre, la place possédait assez d’espace pour aménager le parc de la cathédrale, tandis que les hautes coupoles servaient de point de repère pour les navigateurs.

La pose solennelle de la première pierre a eu lieu en présence de l’empereur russe Nicolas II et des membres de la famille impériale. Ce jour-là, 31 coups de feu ont été tirés en l’honneur de la fondation de la cathédrale, et les 32 premiers chênes ont été plantés dans le parc. Dix ans plus tard, la sanctification de la cathédrale navale Saint-Nicolas a eu lieu. Mais quelques années plus tard, la cathédrale a été fermée, les coupoles et les croix ont été jetées, et les peintures murales et les mosaïques ont été repeintes et noircies. La riche décoration intérieure et les ustensiles de l’église ont été également endommagés, les icônes antiques et l’iconostase de marbre ont été détruites, et le cinéma Gorki a été ouvert à l'intérieur.

Les années du Front de l’Est ont laissé la trace de la bombe allemande, que vous pouvez voir aujourd’hui dans la partie nord de la cathédrale. Le sanctuaire n’a pas été rendu non plus aux fidèles après la fin de la guerre. Au milieu du XXe siècle, il abritait une salle de concert, dont l’intérieur luxueux avec des ornements byzantins décore toujours la cathédrale.

Ce n’est qu’au début du XXIe siècle que les services religieux ont été repris dans la cathédrale navale Saint-Nicolas, qu’une croix orthodoxe a été installée sur le clocher, et que l’icône de la Résurrection de Lazare et des particules de reliques de saint Nicolas et douze apôtres ont été données à la cathédrale.

Aujourd’hui, la pompeuse cathédrale de style néo-byzantin est le véritable symbole de Kronstadt, l’une des principales attractions de Saint-Pétersbourg et le sanctuaire principal de la marine russe.