L’histoire de la colonie indienne de Rancagua dans le statut de ville remonte à 1743, lorsque le dernier chef de la tribu mapuche, Tomés Guaglén, a quitté ses terres. La même année, le conseil municipal a donné un petit terrain près de l’actuelle Plaza de los Héroes à l’Ordre de Notre-Dame-de-la-Merci pour la construction du monastère de La Merced. La construction a duré 4 ans et a été achevée en 1754. Le nouveau temple a été nommé San Ramón Nonato, en l’honneur de la tête de l’Ordre religieux, un cardinal qui avait été canonisé. Quelques années plus tard, le nom de l’église a été changé pour La Merced.

Le bâtiment de l’église avait une forme rectangulaire, et était faite d’adobe, qui est caractéristique de l’architecture des XVIIIe-XIXe siècles. La seule tour avait une façade octogonale avec une flèche courbe, tandis que le toit était recouvert de tuiles d’argile. L’intérieur du temple n’avait pas d’éléments décoratifs, il y avait juste des murs blancs lisses. Toutes les décorations n’ont été apportées à l’intérieur qu’à la fin du XIXe siècle.

Les dates les plus importantes de l’histoire de l’Église catholique sont le début de mois d’octobre 1814. À cette époque, le général Bernardo O’Higgins a été assiégé par le colonel espagnol Mariano Osorio et s’est réfugié dans la tour de l’église. Il a attendu en vain des renforts, parce que personne n’est venu au secours de l’armée patriote. Ses soldats se battaient courageusement pendant deux jours, mais ils n’étaient pas capables de se défendre. Puis, ils ont réussi à fuir dans la ville de Mendoza, mais pas tous. Cet événement est devenu la défaite du mouvement patriotique chilien et la fin de la « Patria Vieja ».

L’église a subi de nombreux changements et événements pendant sa longue histoire, mais le tremblement de terre de 2010 a eu des effets dévastateurs les plus graves. En raison de nombreux dommages graves, le temple a dû être fermé. Il était vide pendant 4 ans jusqu’à ce que les travaux de restauration commencent en 2014. La cérémonie d’ouverture officielle de l’église et de la salle d’exposition dédiée à l’Ordre de Notre-Dame-de-la-Merci et à la bataille de Rancagua a eu lieu en 2016.