Основанный в 1803 году ботанический сад Тартуского университета является старейшим ботаническим садом не только Эстонии, но и всей Прибалтики. Сегодня, сложно поверить в то, что когда-то по саду прогуливались исключительно знатные горожане старинного эстонского города. Еще в начале XIX века зеленые оазисы были закрыты для публики, возможно поэтому жители Тарту и в настоящее время не утратили трепетного отношения к вековым деревьям и экзотическим растениям, что расцветают в его оранжереях.

На самом деле тот сад, что сегодня видят туристы, был открыт на месте другого парка под названием «Ванемуйне», да и площадь прежнего сада была гораздо скромнее. В то время он был расположен у городской стены над бастионом Ульрики Элеоноры и представлял собой уголок, заросший густыми деревьями, больше похожий на маленький лес, нежели на сад или парк.

Лишь в 1868 году у каждого представителя флоры в саду появилась табличка с описанием происхождения и свойств растения. Именно в это время сад стал похож на ботанический, чем привлекал внимание садоводов и ботаников. К сожалению, его процветание было прервано событиями Второй мировой войны. В 1944 году сад пострадал от взрыва, который не только разрушил старинные оранжереи, но и убил директора ботанического сада эстонского ботаника Теодора Липпмаа. Памятник академику Теодору Липпмаа и памятник основателю ботанического сада Готфриду Альберту Германну можно увидеть и в наши дни на одной из аллей современного ботанического сада города Тарту.

В послевоенные годы началось восстановление многих разрушенных памятников истории и культуры. Реставрацией ботанического сада занялся Август Вага, но наивысшего расцвета прекрасный оазис достиг четверть века спустя, когда его площадь выросла до 2,5 гектаров, а на его территории был открыт пальмовый дом. В настоящее время в саду растут более 6,5 тысяч растений, цветов и деревьев, среди которых крупнейший клен в Эстонии с диаметром ствола более 4 метров.