Еще в XIX веке литовский город Мажейкяй был небольшой сельской деревушкой, где многие придерживались древних языческих обрядов. Все изменилось со строительством железной дороги и уже в начале XX века Мажейкяй стал процветающим городом, который украсила первая католическая святыня – часовня Франциска Ассизского. В 1905 году в приходской книге часовни появилась первая запись о крещении, а всех умерших прихожан стали хоронить на новом кладбище.

С каждым годом население Мажейкяя стремительно возрастало, наряду с этим увеличивалось и количество верующих прихожан. Старая часовня Франциска Ассизского больше не могла вместить в себя всех желающих присоединиться к мессе, проблема была очевидной – городу нужен был новый храм. И если бы не долгие жаркие споры горожан по поводу места строительства новой святыни, Мажейкяй давно бы украсил великолепный католический костел.

Однако на деле все было иначе. Шли годы, споры не утихали, строительство затягивалось, пока в 1929 году не был освящен первый камень, заложенный в фундамент церкви. Все жители окрестных деревень принимали участие в строительстве, тогда же было принято решение освятить новый храм не в честь Святого Франциска Ассизского, а в честь Святого Сердца Христа.

Правящие в то время Советские власти не одобряли работу сразу двух церквей в городе, а потому старая часовня была закрыта и отдана под склад. Позднее в ее стенах работал мебельный магазин, а затем все и вовсе снесли. Лишь спустя несколько лет горожане вернулись к идее возвести на прежнем месте вторую католическую церковь в честь Святого Франциска.

Великолепный памятник современной храмовой архитектуры был возведен по проекту местного архитектора Генрикаса Штауде. Новый храм представлял собой оригинальную конструкцию треугольной формы с колокольной башней высотой 25 метров. Четыре литых колокола, самый большой из которых весит почти 3 тонны, были специально привезены из Германии и установлены в 2005 году. В этом же году весь город впервые услышал колокольный звон новой церкви Святого Франциска в день ее освящения.