Когда губернатору Томска пришел указ о создании Сибирского университета , вместе с ним говорилось о создании университетского ботанического сада, для которого тоже необходима была территория. Эту территорию в 1,7 гектара выделили в южной части будущего места строительства университетского комплекса.

Так началась история этого удивительного заповедника, который является старейшим в Сибири. До середины 20 века и появления Новосибирского ботсада, он так же являлся крупнейшим.

В 1885 году П.Н. Крылов, ученый садовник из Казани, привез в Ботанический сад около 60 видов растений. И хотя большинство из них являлись недолговечными, отдельные виды оказались долгожителями. Эти растения являются ровесниками сада и до сих пор радуют посетителей. Среди них: фикус укореняющийся, пальма ховея Форстера и араукария Бидвилла, их возраст составляет около 130 лет.

В 1888 году (к открытию университета) Сибирский Ботанический сад (сокращенно СибБС) занял 1,2 га, а его оранжерея с тремя отделениями — 473 м2 .
Кроме того, сад содержал двускатную теплицу площадью 93 м2, а коллекция лекарственных, древесных, кустарниковых и травянистых растений произрастала также и на открытой почве.

Вышеупомянутый товарищ Крылов помимо самого сада основал еще и оранжерею. Она находится в Университетской роще - это парковая зона вокруг главного корпуса учебного заведения. Студенты очень любят это место, ведь оно отлично помогает восстановить силы в природной обстановке среди растений и белочек. Там же располагается ландшафтный парк, обладатель прекрасного розария и других садовых форм искусства.

Сейчас в коллекции ботсада более 6000 видов растений и целых две территории - одна возле Университета, и другая - между двумя жилыми микрорайонами на выезде из города. Их общая площадь - более 120 гектар, а главная оранжерея является одной из самых высоких в России и в мире - ее высота составляет 31 метр.