Тобольский историко-архитектурный музей-заповедник часто путают с Губернским музеем. Это происходит потому, что последний в действительности стал первым в Сибири и впоследствии был реорганизован во второй.

Интересно, что хотя основали его в 1870 году, а открыли только в 1889, он с самого своего появления стал научным и культурным центром и уже в 1891 году его покровителем стал Николай Второй.

При музее практически с момента его открытия стала работать публичная библиотека, а в 1899 году даже появилась метеорологическая станция. Сотрудник ее жил во флигеле, а инструменты хранились в специальной будке во дворе.

У музея был даже собственный научный журнал -«Ежегодник Тобольского губернского музея» (выходил до революции 18 года).  Сейчас это уникальное издание считается редким и представляет собой источник важной информации о регионе.

 За долгую бытность музей пережил множество реорганизаций, что неудивительно, ведь всю страну в тот период сотрясали перемены. Только с 1917 по 1921 годы власть в Тобольске поменялась 10 раз, что не могло не сказаться на работниках и управлении музея.

В 1918 году организация осталась практически без финансирования и не могла платить даже за электроэнергию и дрова, но музей не прекратил свою работу.

В 1961 г. учреждение преобразовали в Тобольский государственный историко-архитектурный музей-заповедник, в 1995 году он обрел статус Объекта исторического и культурного наследия и с тех пор в его составе открылись много новых подразделений.

Сейчас в нем  11 музейных комплексов, 62 исторических здания, а площадь его составляет 18 га. Коллекция фонда насчитывает почти полтысячи уникальных предметов, рассказывающих о сибирском регионе. В 21 веке заповедник продолжает жить насыщенно и интересно: в 2001 году,  например, он запустил культурно-образовательный проект «Школа в музее», а в 2012  установил на своей территории мемориальный камень в честь памяти жертв сталинских репрессий.